쌍계사는 언제 세웠는지 확실히 알려지지 않았으나 현재 남아있는 유적으로 미루어 보면 고려시대에 세운 것으로 추정된다. 조선 영조 15년(1739)에 세운 비가 남아있어 그 당시 절을 고쳐 지은 것으로 보인다.
절의 중심 법당이라 할 수 있는 대웅전은 건축 형식으로 보면 조선 후기 건물로 1972년 보수공사가 있었고 1973년에 단청을 다시 하였다.
규모는 앞면 5칸·옆면 3칸이며 지붕은 옆면에서 볼 때 여덟 팔(八)자 모양인 팔작지붕이다. 지붕 처마를 받치기 위해 장식하여 짜은 구조가 기둥 위뿐만 아니라 기둥 사이에도 있는 다포 양식이다. 정면의 문은 앞면 5칸을 모두 같은 간격으로 2짝씩 달아 문살에 화려한 꽃새김을 하고 있다. 꽃무늬는 연꽃, 모란을 비롯해 6가지 무늬로 새겨 색을 칠하였는데 섬세하고 정교한 조각 솜씨를 엿보게 한다.
건물 안쪽은 우물 정(井)자 모양의 천장으로 꾸몄으며, 석가여래삼존불을 모신 불단 위쪽으로 불상마다 지붕 모형의 닫집을 만들어 엄숙한 분위기를 더해 주고 있다.
예술 가치가 높은 문살 조각을 볼 수 있고 조선 후기 건축사 연구에 소중한 자료가 되고 있어 잘 보존해야 할 문화재이다.
논산 쌍계사 소조석가여래삼불좌상은 조선후기 17세기 초에 활약했던 조각승 元悟비구가 만력 33년(1605)에 수조각승을 맡아 信玄, 淸虛, 神釰, 希春이라는 네 명의 보조조각승과 함께 제작한 상이다. 당시는 임진왜란 중에 피해가 컸던 여러 사찰들의 중창이 곳곳에서 일어나던 시기였으므로 이 때 쌍계사도 2층의 불전을 세우고 그 안에 석가, 아미타, 약사로 구성된 삼불상을 봉안했던 듯하다. 삼불상의 어깨가 넓고 허리가 긴 장대한 체구는 고려후기에서 조선전기로 이어진 불교조각의 전통을 잇고 있으며, 살이 많은 풍만한 얼굴과 부푼 눈두덩, 오뚝한 콧날, 넓은 인중, 입 꼬리가 살짝 올라간 미소 띤 자비로운 표정은 위봉사 북암 보살입상(현재 익산 관음사와 혜봉원에 각각 1구씩 봉안)의 사실적인 얼굴과 거의 흡사하여 원오의 독특한 작풍을 드러낸다.
